Nació en Geisa, Alemania, fue sacerdote jesuita, políglota, erudito, estudioso orientalista, de espíritu enciclopédico y uno de los científicos más importantes de la época barroca.

Era hijo del filósofo Johannes Kircher, un doctor en teología por la Universidad de Maguncia que no llegó a ordenarse. Johannes hizo que sus seis hijos (tres varones y tres mujeres) ingresaran en diversas órdenes religiosas porque la familia era demasiado pobre como para costearles los estudios.

Inteligente y capaz, Athanasius desarrolló una impresionante carrera intelectual mientras le rodeaba el convulso ambiente de la Guerra de los Treinta Años. Empezó estudiando humanidades en el colegio jesuita de Fulda e ingresó a los dieciséis años, el 2 de octubre de 1618, en el seminario jesuita de Paderborn, destacando en ciencias naturales y lenguas clásicas; en 1628 fue ordenado sacerdote de la Compañía de Jesús; allí fue donde aprendió griego y hebreo a la perfección y profundizó sus estudios de humanidades, ciencias naturales y matemáticas, complementándolos con filosofía en Colonia.

Su inquietud por el Conocimiento, que abarcó áreas tan dispares como Astronomía, Historia, Filología, Medicina, Naturaleza, Biología, Arqueología, Geografía, Vulcanología, Música y Física, entre otras, le llevó a recorrer diversos puntos de Europa dónde fue reconocida su importante labor, para en 1631, ingresar en el colegio jesuita de la pontificia ciudad francesa de Avignon dónde tendría ocasión de profundizar en la escritura egipcia.

En 1633, tras ser nombrado sucesor del famoso astrónomo alemán Johannes Kepler en la corte de los Habsburgo en Viena, acabó por el expreso deseo del papa Urbano VII de estudiar los jeroglíficos egipcios, ya en 1636, en la Roma que habría de ser su definitivo lugar de residencia hasta su muerte.

En aquéllos años, y compaginándola con sus otras muchas actividades científicas, ideó  la llamada “linterna mágica”, aparato óptico, precursor del cinematógrafo. En su obra del año 1671 Ars magna lucis et umbrae describe varios artilugios relacionados con la luz y las sombras, entre ellos varios diseños de Relojes solares.